ในอดีตอันไกลโพ้น โลกถูกปิดล้อมโดย Gaona ซึ่งเป็นสิ่งมีชีวิตนอกโลกที่ไม่สามารถสื่อสารด้วยได้ เป็นผลให้มนุษยชาติอพยพไปยังดาวเคราะห์ดวงอื่นโดยใช้เรือเมล็ดพันธุ์เพื่อรักษาสายพันธุ์ของพวกเขา ทานิคาเสะ นางาเตะ มนุษย์ที่ถูกเลี้ยงดูมาในห้องใต้ดินของเรือเมล็ดพันธุ์ "ซิโดเนีย" ได้โผล่ออกมาจากที่ซ่อน เขามีทักษะเป็นพิเศษในการใช้งานหุ่นรบโมริโตะโบราณ "สึคุโมริ" และเขาและเพื่อนนักสู้ใช้หุ่นเหล่านี้เพื่อปกป้องมนุษยชาติจากการโจมตีของเกาน่า เนื่องจากพวกมันคือสิ่งที่เหลืออยู่ของเผ่าพันธุ์มนุษย์