ในช่วงปิดเทอมฤดูร้อน มานัสสึ ไดอิจิได้เห็นสายรุ้งอันแปลกประหลาดบนท้องฟ้าเหนือเกาะเมล็ดพันธุ์ เขามั่นใจว่าเขาเคยเห็นมันมาก่อนในคืนที่พ่อของเขาจากไป หลังจากเผชิญหน้ากับเด็กชายและเด็กหญิงลึกลับ เขาได้ตัดสินใจเดินทางไปยังเกาะนั้น ซึ่งเขาบังเอิญไปพบกับเครื่องจักรที่มีป้ายกำกับว่า Earth Engine การค้นพบนี้เกิดขึ้นระหว่างการรุกรานของคิล หุ่นยนต์จากดาวยูเรนัส