ซาโตชิ คาซึมิ และทาเคชิได้รับการแนะนำให้รู้จักกับมิวทู ซึ่งเป็นโปเกมอนอัจฉริยะระดับสูงที่สร้างขึ้นเพื่อทดสอบความสามารถของพวกเขาโดยเฉพาะ หลังจากที่พวกเขายอมรับคำเชิญจากเทรนเนอร์ผู้ลึกลับ