ส่วนที่สองของฟรี! อนิเมะซีรีส์ Eternal Summer เกิดขึ้นหลังจบการแข่งขันว่ายน้ำครั้งล่าสุด ฮารุกะ มาโกโตะ และนางิสะยังคงใช้กิจวัตรประจำวันของตนต่อไป โดยแทบไม่มีการเปลี่ยนแปลงไปจากเมื่อก่อน ในขณะที่รินเริ่มยอมรับอดีตของตนและคืนดีกับเพื่อนๆ ภายหลังการแข่งขัน ด้วยความชัดเจนที่ได้รับการปรับปรุงใหม่ Rin ได้ตั้งเป้าหมายที่จะเติมเต็มความปรารถนาของเขา: การเป็นนักว่ายน้ำโอลิมปิก