ในนิทาน Satoshi, Pikachu และสหายของพวกเขาเริ่มต้นการเดินทางไปยังเมือง Altomalay ที่ซึ่งตำนานของเทพผู้ปกป้องเมือง Latios และ Lathias ได้รับการบอกเล่ามานานแล้ว พวกเขาประหลาดใจกับความยิ่งใหญ่ของสถานที่แห่งนี้ อย่างไรก็ตาม พวกเขายังถูกท้าทายโดยคู่อริหน้าใหม่สองคน ซึ่งเป็นหัวขโมยวัยรุ่นที่ตั้งใจจะยึดสมบัติในตำนานและเข้าร่วมในการต่อสู้ที่ดุเดือด ตัวเอกจะต้องต่อสู้อย่างกล้าหาญเพื่อปกป้องมหานครอันศักดิ์สิทธิ์