หนึ่งปีหลังสงครามสิ้นสุดลง การแบทเทิลบากูกันได้เข้าสู่ยุคสมัยใหม่ใน "บากูกัน อินเตอร์สเปซ" ที่โด่งดังไปทั่วโลก แดนและดราโก้ต้องเผชิญหน้ากับคู่ปรับหน้าใหม่อย่างอานูเบียสและเซลลอนผู้แข็งแกร่ง ซึ่งในการต่อสู้ที่ดุเดือด แดนได้ปลดปล่อยพลังมหาศาลของดราโก้ออกมาจนเกิดการคลุ้มคลั่งและไม่สามารถควบคุมได้ นำไปสู่จุดเริ่มต้นของวิกฤตครั้งใหม่ในโลกแห่งการต่อสู้