เรื่องราวเกิดขึ้นหลังจากสงครามระหว่าง Earth Army และ Zaft Army Orb ซึ่งเป็นประเทศที่เป็นกลางถูกโจมตีโดยกองทัพดินเพื่อควบคุมโรงงานโมบิลสูทที่สามารถใช้เพื่อต่อสู้กับกองทัพ Zaft และใช้เทคโนโลยีของ Orb ในช่วงเวลานี้ ตัวเอก ชิน อาซึกะ ได้สูญเสียคนที่เขารักไปและได้รับผลกระทบอย่างลึกซึ้งจากสงคราม ในที่สุด เขาก็ย้ายไปที่ Plant และเป็นนักบินของ Saft โดยควบคุมโมเดลกันดั้มใหม่ Impulse Gundam อย่างไรก็ตาม เนื่องจากสถานการณ์ที่ไม่คาดฝัน เขาจึงถูกบังคับให้เข้าร่วมในความขัดแย้งครั้งใหม่ที่เกิดจากการโจมตีของหน่วยงานลับ Blue Cosmos นำโดยพันเอก Neo Lornork พวกเขาขโมยกันดั้มล่าสุดของ Saft สามตัว ได้แก่ Chaos Gundam, Gaia Gundam และ Abyss Gundam ซึ่งทั้งหมดนี้มี Athrun, Sala และ Kagari ปรากฏตัวใน Plant ด้วย เหตุการณ์นี้ทำให้ชินและคนอื่นๆ ถูกดึงเข้าสู่สงครามที่ปะทุขึ้นอีกครั้ง แม้ว่าผู้ประสานงานจะล่วงละเมิดมาก่อนหน้านี้ พวกเขายังคงรักษาหลักการของแพทริค ซารา และปล่อยจูเนียสเซเว่นมายังโลก แม้ว่ากลุ่มผู้ประสานงานลับจะพยายามลอบสังหาร Lux Klein ก็ตาม ความมุ่งมั่นของ Ki ทำให้ Ra และ Athrun ต่อสู้กันในฝ่ายตรงข้าม แม้ว่าจะมีเป้าหมายร่วมกันก็ตาม สถานการณ์เลวร้ายลงอีกเมื่อ Blue Cosmos เข้ามามีส่วนร่วมในความขัดแย้ง โดยที่ Orb ได้เข้าร่วมกองกำลังกับพวกเขาในเวลาต่อมา ในขณะเดียวกัน สหพันธ์แอตแลนติกยังคงเป็นผู้เล่นหลักในสงคราม