คุโดะ ชินิจิ นักเรียนมัธยมปลายวัย 17 ปี ได้รับฉายาว่าเป็น "นักสืบที่ยิ่งใหญ่ที่สุดแห่งยุคเฮเซ" วันหนึ่ง เขาออกไปข้างนอกกับเพื่อนสมัยเด็ก โมริ รัน ซึ่งเพิ่งจะกลายเป็นแชมป์คาราเต้ของเขตนี้ หลังจากคลี่คลายคดีแล้ว ชินอิจิได้เห็นการเจรจาลับๆ ของชายชุดดำ น่าเสียดายที่เขาถูกโจมตีโดยชายชุดดำอีกคนและได้รับยาพิษ APTX4869 ที่องค์กรคิดค้นขึ้น พิษทำให้เขาหดตัวลงและกลายเป็นเด็กชายอายุ 7 ขวบ โดยใช้ชื่อเอโดกาวะ โคนัน ด้วยความช่วยเหลือจากดร.อากาสะ ฮิโรชิ พวกเขาสืบสวนร่องรอยของชายชุดดำและพิษ เพื่อค้นหาหนทางที่จะกลับคืนสู่ร่างเดิมของเขา โคนันย้ายไปอยู่กับโมริ รันที่สำนักงานนักสืบโมริ โดยที่โคโกโระ พ่อของรันทำงานเป็นนักสืบเอกชน อย่างไรก็ตาม โคนันไม่สามารถพึ่งพาเขาได้ และใช้สติปัญญาของเขาและสิ่งประดิษฐ์ของดร.อากาสะ ฮิโรชิเพื่อแก้ไขคดีต่างๆ แทนที่จะตามหาชายชุดดำด้วยตัวเอง โคโกโระตัดสินใจรอให้นายจ้างแจ้งข้อมูลเกี่ยวกับที่อยู่ของเขา ในขณะเดียวกัน โคนันซึ่งติดอยู่ในร่างเด็ก ได้เข้าเรียนในโรงเรียนประถมศึกษาเทตัน ซึ่งเขาได้พบกับเพื่อนร่วมชั้นโยชิดะ และพวกเขาก็ร่วมกันก่อตั้งขบวนการนักสืบเยาวชน ในขณะที่ Ayumi, Mitsuhiko Tsuburaya และ Kojima Genta ยังคงค้นหาชายชุดดำและวิธีรักษาอาการของ Conan พวกเขาก็พบกับกรณีต่างๆ และค้นพบบุคคลสำคัญที่เกี่ยวข้องกับองค์กรชุดดำ เช่น มิยาโนะ อาเคมิ หนึ่งในกลุ่มคนสุดท้ายที่เหลืออยู่ สมาชิก. ไฮบาระ ไอ หรือที่รู้จักในชื่อเชอร์รี่ หนึ่งในนักวิทยาศาสตร์ที่เกี่ยวข้องกับการสร้างยา APTX4869 ที่รับผิดชอบต่ออาการของโคนัน ได้เข้าร่วมกลุ่มเพื่อค้นหาวิธีรักษาอาการของโคนัน ซึ่งขณะนี้มีผลเพียงชั่วคราวเท่านั้น