Kudo Shinichi เป็นนักเรียนนักสืบวัย 17 ปีในโรงเรียนมัธยมปลายที่หลงรัก Mori Ran ลูกสาวของ Mori Kogoro ซึ่งเขาถูกเรียกตัวมา ในฐานะ "นักสืบชั้นนำแห่งปีของ Heisei" คุโดะ ชินิจิแอบสังเกตการเจรจาลับๆ ของชายชุดดำ โดยไม่รู้ว่าชายชุดดำอีกคนแอบโจมตีเขาจากด้านหลัง จากนั้นทั้งสองก็ถูกจับกุมและได้รับยาพิษซึ่งถูกกล่าวหาว่าผลิตขึ้นภายในองค์กรของตน อย่างไรก็ตามพิษดังกล่าวทำให้ชินอิจิหดตัวลงจนกระทั่งเขากลายเป็นเด็กอายุ 7 ขวบและเปลี่ยนชื่อเป็นเอโดกาวะโคนัน ด้วยความช่วยเหลือจากดร.อากาสะ ฮิโรชิ เขาสืบสวนร่องรอยของชายชุดดำและพยายามหายาแก้พิษกลับคืนมา เขาย้ายไปอยู่ที่สำนักงานนักสืบโมริ และอาศัยอยู่กับโมริ รัน เพื่อนสมัยเด็ก พ่อของโมริ โคโกโระเป็นนักสืบเอกชน แต่เขาไม่ใช่นักสืบที่น่าเชื่อถือ โคนันซึ่งเป็นลูกของชินิจิใช้อุปกรณ์ที่พัฒนาโดยดร.อากาสะ ฮิโรชิเพื่อคลี่คลายคดีต่างๆ แทนโคโกโร่และยกระดับโปรไฟล์ของโคโกโร่ เพื่อที่จะตามหาชายชุดดำและรับยาแก้พิษ ชินิจิซึ่งแปลงร่างเป็นเด็กแล้ว จะต้องเข้าเรียนชั้นประถมศึกษาปีที่ 1 อีกครั้งที่โรงเรียนประถมศึกษาเทตัน ชินิจิก่อตั้งกลุ่มนักสืบเยาวชนขึ้นมาเพื่อช่วยในการค้นหาร่วมกับโยชิดะ อายูมิ, มิตสึฮิโกะ สึบุรายะ และโคจิมะ เก็นตะ ร่วมกับเพื่อนร่วมชั้นของเขา ในขณะที่การสืบสวนดำเนินต่อไป มีคดีต่างๆ เกิดขึ้นและบุคคลสำคัญถูกค้นพบ รวมถึงมิยาโนะ อาเคมิ และมิยาโนะ ชิโฮะ (หรือที่รู้จักในชื่อ ไฮบาระ ไอ) ซึ่งทั้งคู่มีความเชื่อมโยงกับองค์กรชุดดำ นอกจากนี้ นักวิทยาศาสตร์ที่สร้างยา APTX4869 ซึ่งรับผิดชอบในการเปลี่ยนแปลงของโคนันให้เป็นเด็ก ก็มีส่วนเกี่ยวข้องเช่นกัน อย่างไรก็ตาม เรื่องราวของ Detective Conan นั้นเป็นมังงะที่ดำเนินเรื่องอย่างช้าๆ ซึ่งเจาะลึกความสัมพันธ์ ความรัก และคดีต่างๆ ที่เกี่ยวข้องกับตัวละครและองค์กรชุดดำ แม้จะมีการเปิดเผยทั้งหมด แต่ตอนจบของเรื่องก็ยังไม่ทราบ