หลังจากพายุไต้ฝุ่นโหมกระหน่ำทั่วละแวกบ้าน โนบิตะก็พบลูกบอลลมที่มีลักษณะคล้ายสิ่งมีชีวิตจากดินแดนอันห่างไกล เขาตั้งชื่อมันว่าฟุโกะ ต่อมาโนบิตะ โดราเอมอน และสหายของพวกเขาถูกส่งไปยังชนบทผ่านประตูทุกแห่ง ในระหว่างการเดินทาง พวกเขาค้นพบข้อมูลเกี่ยวกับหมู่บ้านลมและพายุตลอดจนธรรมชาติที่แท้จริงของ Fuuko โนบิตะและเพื่อนๆ ของเขาได้รับมอบหมายให้ปกป้องฟูโกะจากผู้ที่อาศัยอยู่ในหมู่บ้านพายุ ซึ่งนำโดยจิตวิญญาณของอดีตผู้นำหมู่บ้าน โนบุโอะ