โลงศพนี้ตกอยู่ภายใต้การครอบครองของก็อดซิลล่ามาเป็นเวลากว่า 20,000 ปีแล้ว ขณะที่กลุ่มผู้ลี้ภัยต่อสู้เพื่อกอบกู้โลกของตนกลับคืนมา มีชายหนุ่มคนหนึ่งที่แสวงหาการแก้แค้นเหนือสิ่งอื่นใด

Haruo และเพื่อนๆ ของเขาติดต่อกับชนเผ่าพื้นเมือง Hutua เพื่อขอความช่วยเหลือ พวกเขาร่วมกันวางแผนการเดินทางไปยังศูนย์พัฒนาเมชาก็อดซิลล่าเพื่อค้นหาวิธีการเอาชนะก็อดซิลล่า

เมื่อพันธมิตรทั่วโลกค่อยๆ อ่อนแอลง Haruo ก็กำลังใคร่ครวญที่จะปรับตัวเองให้สอดคล้องกับฝ่าย Exif อย่างไรก็ตาม การตัดสินใจครั้งนี้มาพร้อมกับความเสี่ยงของตัวเอง เนื่องจากฝ่ายดังกล่าวมีชื่อเสียงในด้านลัทธิปฏิบัติอันอันตราย การปฏิบัติประการหนึ่งรวมถึงการปลุกสิ่งมีชีวิตขนาดมหึมาซึ่งหากปล่อยออกมาอาจนำไปสู่การทำลายล้างของโลกได้