ซากุราบะ อิตโทกิ ตัวเอกของเรื่อง เป็นผู้ชายธรรมดาๆ ที่ไม่เคยเชื่อเรื่องการมีอยู่ของนินจาเลย อย่างไรก็ตาม ชีวิตของเขาเปลี่ยนไปอย่างมากเมื่อเขาพบว่าเขาถูกตามล่าโดยนินจาโคงะซึ่งเป็นศัตรูกับอิกะมาเป็นเวลานาน ในฐานะทายาทโดยชอบธรรมของนินจาอิงะรุ่นที่สิบ เขาพบว่าตัวเองถูกโจมตี เพื่อความอยู่รอด เขาต้องกลายเป็นนินจาและเข้าสู่โลกที่ซ่อนอยู่ซึ่งไม่มีใครรู้ เส้นทางสู่การเอาชีวิตรอดไม่ใช่เรื่องง่าย เนื่องจากอิตโทกิต้องศึกษา ต่อสู้ และเผชิญกับความยากลำบากมากมายเพื่อที่จะเป็นนินจาผู้ชำนาญ แม้ว่าเขาจะพยายามอย่างเต็มที่ แต่นี่เป็นเพียงจุดเริ่มต้นของชะตากรรมอันโหดร้ายที่รอคอยเขาอยู่