ในวันข้างแรมของฤดูใบไม้ร่วง Junpei Iori ถูก Chidori Yoshino ซึ่งเป็นบริษัทในเครือ Strega จับกุม ในเวลาเดียวกัน Hanged Man Arcana ก็ถูกพิชิตโดย Makoto Yuuki และ Specialized Extracurricular Execution Squad (SEES) หลังจากเหตุการณ์เหล่านี้ สุภาพบุรุษผู้มีเสน่ห์และลึกลับชื่อ Ryouji Mochizuki ได้ก้าวเข้าสู่ห้อง 2-F

ที่โรงเรียนมัธยมเกคโคคัง สมาชิก SEES เชื่อมั่นว่าพวกเขาเป็นอิสระจากเหตุการณ์เลวร้ายที่คร่าชีวิตคนที่พวกเขารัก อย่างไรก็ตาม ทาร์ทารัสและชั่วโมงแห่งความมืดยังคงอยู่ โดยไม่ได้รับผลกระทบจากการกำจัดเงาที่สิบสอง จากความล้มเหลวนี้ SEES จึงถูกบังคับให้เผชิญหน้ากับการต่อสู้ดิ้นรนของแต่ละคนและตัดสินว่าพวกเขากำลังต่อสู้เพื่อใคร ขณะที่มาโกโตะและจุนเปย์เริ่มต้นการเดินทางเพื่อค้นพบตัวเอง ความจริงเบื้องหลังตัวตนของเรียวจิและต้นตอของความเกลียดชังของเอจิสที่มีต่อเขาก็ค่อยๆ ถูกเปิดเผย