เรื่องราวนี้มีต้นกำเนิดมาจากผลพวงของสงครามครั้งล่าสุดระหว่าง Earth Army และ Zaft Army ซึ่งในระหว่างนั้น Orb ซึ่งเป็นประเทศที่เป็นกลางถูกโจมตีโดย Earth Army วัตถุประสงค์คือเพื่อซื้อโรงงานโมบิลสูทเพื่อผลิตโมบิลสูทเพื่อต่อสู้กับกองทัพซัฟท์ โดยใช้เทคโนโลยีของออร์บ ในช่วงเวลานี้ ตัวเอกหลัก ชิน อาซึกะ ได้รับผลกระทบโดยตรงจากสงคราม ส่งผลให้เกิดการสูญเสียผู้เป็นที่รักอย่างน่าเศร้า หลังจากนั้น Asuka ย้ายไปที่ Plant และได้รับเลือกให้เป็นนักบินของ Saft ซึ่งรับผิดชอบในการขับหุ่นกันดั้มรุ่นใหม่ Impulse Gundam อย่างไรก็ตาม ด้วยสถานการณ์ที่ไม่คาดฝัน อาซึกะและคนอื่นๆ ถูกลากเข้าสู่สงครามอีกครั้งที่เกิดจากการโจมตีของหน่วยงานลับบลูคอสมอส นำโดยพันเอกนีโอ ลอร์นอร์ค พวกเขาสามารถขโมยกันดั้มใหม่ของ Saft ได้สามตัว ได้แก่ Chaos Gundam, Gaia Gundam และ Abyss Gundam ในช่วงเวลาของการโจมตี อัธรุน ซาลา และคาการิก็อยู่ในโรงงานด้วย ทำให้พวกเขาเข้าไปพัวพันกับสงครามอีกครั้ง ผู้ประสานงานที่พ่ายแพ้ในสงครามครั้งก่อนได้กระทำความผิดมากมาย อย่างไรก็ตาม พวกเขายังคงปฏิบัติตามอุดมคติของ Patrick Sara และเปิดตัว JUNIUS SEVEN สู่โลก อย่างไรก็ตาม หน่วยลับของผู้ประสานงานพยายามลอบสังหาร Lux Klein Ki ตัดสินใจ ทำให้ Ra และ Athrun ต่อสู้ในทิศทางตรงกันข้ามแม้ว่าพวกเขาจะตั้งใจตรงกันก็ตาม สถานการณ์แย่ลงเมื่อ Blue Cosmos เข้าร่วมสงครามและ Orb เป็นพันธมิตรกับสหพันธ์แอตแลนติก