คุโดะ ชินิจิ นักเรียนมัธยมปลายและนักสืบชื่อดังในวัย 17 ปี ได้รับฉายาว่า "นักสืบที่ยิ่งใหญ่ที่สุดแห่งยุคเฮเซ" วันหนึ่งเขาออกไปข้างนอกกับเพื่อนสมัยเด็ก รัน ที่เพิ่งคว้าแชมป์คาราเต้ระดับเขตมาได้ไม่นาน หลังจากคลี่คลายคดีได้สำเร็จ ชินอิจิได้พบเห็นการเจรจาลับๆ ระหว่างชายชุดดำกับบุคคลอื่น น่าเสียดายที่เขาถูกโจมตีโดยชายชุดดำคนหนึ่ง และได้รับยาพิษชื่อ APTX4869 ซึ่งพัฒนาโดยองค์กร พิษทำให้ชินิจิตัวหดตัวลงจนเหลือขนาดเท่ากับเด็กอายุ 7 ขวบ และเขาเปลี่ยนชื่อเป็นเอโดกาวะ โคนัน ด้วยความช่วยเหลือของดร.อากาสะ ฮิโรชิ โคนันจึงสืบสวนร่องรอยขององค์กรผิวดำและค้นหาวิธีรักษาเพื่อกลับคืนสู่ร่างเดิมของเขา เขาเริ่มอาศัยอยู่กับรันและโคโกโระ พ่อของเธอ ซึ่งเป็นนักสืบเอกชน แต่รู้ว่าเขาไม่สามารถพึ่งพาพวกเขาเพื่อแก้ไขสถานการณ์ของเขาได้ โคนันใช้สติปัญญาและสิ่งประดิษฐ์ของดร.อากาสะในการไขคดีต่างๆ ขณะค้นหาหนทางที่จะกลับไปสู่ตัวตนเดิมของเขา แทนที่จะรอให้นายจ้างให้ข้อมูลเกี่ยวกับชายชุดดำ โคโกโระตัดสินใจจัดการเรื่องนี้เอง อย่างไรก็ตาม เนื่องจากรูปร่างหน้าตาเหมือนเด็กของเขาในปัจจุบัน เขาจึงต้องเข้าเรียนที่โรงเรียนประถมศึกษาเทตันตั้งแต่ชั้นประถมศึกษาปีที่ 1 ที่นั่นเขาได้พบกับเพื่อนร่วมชั้น Yoshida และร่วมกันก่อตั้งขบวนการนักสืบเยาวชน ในขณะเดียวกัน Ayumi, Mitsuhiko Tsuburaya และ Kojima Genta ยังคงค้นหาชายชุดดำและวิธีที่จะเปลี่ยนขนาดของ Conan ในระหว่างการสืบสวน พวกเขาได้พบกับบุคคลต่างๆ ที่เกี่ยวข้องกับองค์กรชุดดำ เช่น มิยาโนะ อาเคมิ หนึ่งในสมาชิกคนสุดท้ายขององค์กร นอกจากนี้ ชิโฮะซึ่งรู้จักกันในชื่อรหัสเชอร์รี่ ยังเป็นอดีตสมาชิกขององค์กรชุดดำและเป็นส่วนหนึ่งของทีมที่พัฒนายา APTX4869 ซึ่งทำให้เกิดการเปลี่ยนแปลงของโคนัน แม้ว่าพวกเขาจะพยายามหาวิธีรักษา แต่ยาก็มีผลเพียงชั่วคราวเท่านั้น และพวกเขาก็ต้องค้นหาวิธีแก้ปัญหาที่ถาวรกว่านี้ต่อไป

ข่าวการกลับมาของคุโดะ ชินิจิหลังจากการหายตัวไปเป็นเวลานานได้แพร่สะพัดอย่างรวดเร็ว แม้ว่าจะต้องทานยาเพื่อกลับสู่ร่างเดิมชั่วคราวและไปทัศนศึกษาร่วมกับเพื่อนร่วมชั้น แต่โคแนนก็ถูกดึงเข้าสู่คดี โชคดีที่บุคคลที่เกี่ยวข้องกับตัวตนที่แท้จริงของโคนันได้ดำเนินการอย่างรวดเร็วเพื่อป้องกันไม่ให้ข่าวนี้เผยแพร่สู่สาธารณะ ครอบครัวคุโดะประชุมกันเพื่อหารือเกี่ยวกับแนวทางปฏิบัติครั้งต่อไป เหยื่อของการโจมตีของ RUM ทิ้งเบาะแสไว้เบื้องหลัง ซึ่งนำไปสู่การเปิดเผยว่าเจ้านายผู้โด่งดังมีความเชื่อมโยงกับคาราสุมะ เรนยะ เศรษฐีชาวญี่ปุ่นผู้มีอิทธิพลซึ่งเชื่อกันว่าเสียชีวิตแล้ว ด้วยข้อมูลใหม่นี้ ครอบครัวนี้จึงตัดสินใจอยู่ในญี่ปุ่นต่อไปเพื่อวางกลยุทธ์ แผนนี้ถือเป็นการยืนยันว่าเรื่องราวครึ่งหนึ่งถูกเปิดเผยแล้ว
ซีรีส์มังงะเรื่อง Detective Conan เป็นที่รู้จักจากผลงานที่กว้างขวางและการพัฒนาคดีอย่างค่อยเป็นค่อยไป ความสัมพันธ์ของตัวละคร และองค์กรชุดดำ แม้ว่าบทสรุปของเรื่องราวจะยังไม่ได้รับการเปิดเผย แต่แฟนฟิคชั่นจำนวนมากก็ได้เกิดขึ้นจากผู้ที่ชื่นชอบโคนันผู้ภักดีและติดตามมังงะเรื่องนี้อย่างกระตือรือร้น