หลังจากเหตุการณ์ “Dark Star Collapse” ทำให้สมดุลของจักรวาลสั่นคลอน สิ่งมีชีวิตปริศนาจากมิติมืดที่เรียกว่า "Void Beasts" ได้บุกเข้ามาทำลายล้างโลกต่าง ๆ ทีละแห่ง และโลกมนุษย์ก็กำลังจะเป็นเป้าหมายต่อไป

ริว คาสึกิ เด็กหนุ่มวัย 17 ปี ผู้เคยสูญเสียครอบครัวไปจากเหตุการณ์ประหลาดในวัยเด็ก ได้บังเอิญพบกับเศษแกนพลังงานที่เรียกว่า “Omega Core” และกลายเป็นผู้สืบทอดพลังของ “Ultraman Omega” นักรบแห่งแสงองค์สุดท้าย ที่เคยถูกผนึกในศึกครั้งโบราณ

แต่พลังของโอเมก้านั้น ไม่สมบูรณ์ — หากใช้เกินขีดจำกัด ร่างของริวอาจสลายไปพร้อมกัน...

ริวจึงต้องต่อสู้เพื่อปกป้องโลก พร้อมทั้งตามหา “เศษแสง” ที่เหลืออยู่อีก 7 ส่วน เพื่อฟื้นฟูพลังของ Omega อย่างสมบูรณ์ และเปิดเผยความจริงเบื้องหลัง ศัตรูที่แท้จริงของจักรวาล