Makoto Naegi และเพื่อนผู้รอดชีวิตของเขาประสบความสำเร็จในการหนีจาก Hope's Peak Academy และพบว่าตัวเองอยู่ในโลกใหม่ พวกเขากลายเป็นสมาชิกของ Future Foundation อย่างรวดเร็ว ซึ่งเป็นองค์กรที่มุ่งมั่นที่จะต่อสู้กับความสิ้นหวัง อย่างไรก็ตาม เมื่อสิ่งต่าง ๆ เริ่มคลี่คลาย Naegi ถูกกล่าวหาว่าทรยศเพื่อปกป้องกลุ่ม Remnant of Despair ผู้ชั่วร้าย เขาถูกจับและถูกนำตัวขึ้นศาลต่อหน้าสมาชิกคนสำคัญของ Future Foundation นาเอกิเผชิญหน้ากับโชคชะตาที่ไม่แน่นอนเคียงข้างเคียวโกะ คิริกิริและอาโออิ อาซาฮินะ

หากการรักษาความปลอดภัยขององค์กรถูกแฮ็กโดยบุคคลที่ไม่รู้จัก สถานการณ์จะบานปลายอย่างไม่ต้องสงสัย
Monokuma เป็นตัวละครที่รู้จักสร้างความกลัวในใจของ Naegi ซึ่งเป็นตัวเอกของเรื่อง หมีเครื่องจักรตัวนี้ถือเป็นจุดเริ่มต้นของเกมฆ่าครั้งใหม่ และไม่นานนักเหยื่อรายแรกก็ถูกอ้างสิทธิ์ ความสิ้นหวังของหมีที่จะกลับมาครองความหวาดกลัวอีกครั้งนั้นเห็นได้ชัดจากการกระทำอันโหดเหี้ยมนี้

บทสุดท้ายของ Danganronpa เรื่องราวของทั้งความหวังและความสิ้นหวัง ติดตามการเดินทางของ Naegi นักเรียนมัธยมปลายธรรมดาผู้มีโชคลาภ ขณะที่เพื่อนร่วมชั้นและเพื่อนๆ ของเขาตกเป็นเหยื่อของความพลิกผันอันร้ายแรงของเกม นาเอกิต้องใช้ไหวพริบของเขาเพื่อเปิดเผยความจริง ต่างจากรอบก่อนๆ ไม่มีการทดลองในชั้นเรียนอีกต่อไป ในบรรดาผู้เข้าร่วม 16 คนที่สูญเสียความหวังทั้งหมด กลับเหลือฆาตกรเพียงคนเดียวเท่านั้นที่ต้องพบ เดิมพันจะสูงกว่าที่เคย - หากจับฆาตกรคนนี้ไม่ได้ เกมจะไม่มีวันสิ้นสุด