หลังจากเปิดเผยตัวตนว่าเป็น "ไคจูหมายเลข 8" ต่อหน้าหน่วยปราบไคจู คนอื่น ๆ ต่างหวาดกลัวและลังเลที่จะไว้วางใจ Kafka Hibino อีกต่อไป แม้ว่าเขาจะใช้พลังนั้นช่วยเหลือมนุษย์ก็ตาม

เพื่อพิสูจน์ตัวเองว่าเขายังเป็นมนุษย์ที่ต่อสู้เพื่อปกป้องผู้คน Kafka จึงถูกส่งไปฝึกกับ หน่วยที่ 1 ซึ่งนำโดย กัปตัน Gen Narumi — ทหารระดับแนวหน้าผู้ทรงพลังและเด็ดขาด

ในขณะเดียวกัน ไคจูหมายเลข 9 ศัตรูปริศนาผู้มีสติปัญญาสูง ก็เริ่มเคลื่อนไหวอีกครั้ง พร้อมแผนการร้ายแรงที่จะเปลี่ยนแปลงญี่ปุ่นทั้งประเทศ Kafka และเพื่อนร่วมทีมต้องเผชิญกับภัยคุกคามระดับใหม่ที่อันตรายและโหดร้ายกว่าที่เคย

การต่อสู้ครั้งใหม่จึงไม่ใช่แค่การกำจัดไคจู...
แต่เป็นการปกป้อง “ความเป็นมนุษย์” ของ Kafka และความหวังของโลกใบนี้