เมื่อหินประหลาดที่มีลักษณะคล้ายเคโรโระมาถึงบ้านของฟุยูมิ ความลึกลับก็เริ่มเปิดเผย เมื่อผนึกกำลังกัน ทีมเคโรโระออกเดินทางสู่เกาะอีสเตอร์อันลึกลับ ที่ซึ่งพวกเขาได้รู้จักกับวิญญาณผู้อ่อนโยนอย่างมานะ และคู่แฝดไอโอและรานะ อย่างไรก็ตาม พวกเขาไม่ได้อยู่เพียงลำพังบนเกาะนี้ เพราะพวกเขายังต้องเผชิญหน้ากับ Akuaku วิญญาณอันชั่วร้ายที่มีชื่อเสียงเมื่อเร็ว ๆ นี้ ขณะที่พวกเขาเจาะลึกเข้าไปในการสืบสวน พวกเขาพบว่า Akuaku ตื่นขึ้นจากการหลับใหลแล้ว