มีการฆาตกรรมหลายครั้ง ซึ่งทั้งหมดมีปัจจัยหนึ่งที่เหมือนกัน นั่นคือ เหยื่อครอบครองหนังสือกิเคกิ โจรคนหนึ่งซึ่งเป็นฆาตกรเหมือนกันได้ขโมยพระพุทธรูปของเก็นจิโบทารุไป โดยทิ้งปริศนาอันน่างงงวยไว้เบื้องหลังในการค้นพบพระพุทธรูปซึ่งหายไปเมื่อหลายปีก่อน คดีนี้ตกไปอยู่ในมือของโคนันที่ต้องแก้ไข ร่วมกับฮัตโตริ นักสืบจากโอซาก้า แรงจูงใจของฮัตโตริในการเข้าร่วมการสืบสวนคือการเป็นคนแรกที่ตามหาผู้หญิงที่เขารัก ฮัตโตริสงสัยว่าเธอครอบครองอัญมณีสีขาวที่ฆาตกรตามหาอยู่

คุโดะ ชินิจิ นักเรียนมัธยมปลายอายุ 17 ปี ได้รับตำแหน่ง "นักสืบผู้ยิ่งใหญ่แห่งปีของเฮเซ" ครั้งหนึ่งเขาเคยแอบสังเกตการเจรจาส่วนตัวของชายชุดดำ อย่างไรก็ตาม เขาไม่รู้ว่ามีชายชุดดำอีกคนหนึ่งโจมตีเขาจากด้านหลัง ทั้งสองถูกจับกุมและได้รับยาพิษจากองค์กรของพวกเขา น่าตกใจที่พิษทำให้ชินอิจิตัวเล็กลงและกลายเป็นเด็กอายุ 7 ขวบ เพื่อสืบสวนชายชุดดำและค้นหายาแก้พิษ ชินิจิจึงเปลี่ยนชื่อเป็นเอโดกาวะ โคนัน โดยได้รับความช่วยเหลือจากดร.อากาสะ ฮิโรชิ จากนั้นเขาก็ไปอาศัยอยู่กับเพื่อนสมัยเด็ก โมริ รัน ที่สำนักงานนักสืบโมริ โคโกโระ พ่อของรันเป็นนักสืบเอกชน และทั้งคู่ร่วมกันสืบสวนชายชุดดำ