คดีปริศนาเมื่อสิบเดือนก่อนถูกนำกลับมาสืบสวนอีกครั้ง เมื่อเพื่อนเก่าของ โมริ โคโกโร่ เริ่มขุดคุ้ยเหตุการณ์ที่ทำให้ สารวัตรยามาโตะ คันซึเกะ แห่งตำรวจนากาโนะได้รับบาดแผลถาวรบนใบหน้า การรื้อคดีครั้งนี้ลุกลามใหญ่โต จนดึงหลายหน่วยงานเข้ามาเกี่ยวข้อง ทั้งตำรวจนากาโนะ ตำรวจนครบาลโตเกียว CSICE และหน่วยข่าวกรอง PSB

ท่ามกลางการสืบสวน เหตุลอบสังหารและความพยายามฆ่าเกิดขึ้นอย่างต่อเนื่อง ทำให้ เอโดงาวะ โคนัน ต้องร่วมมือกับโคโกโร่ ตำรวจนากาโนะ และหน่วยงานพิเศษ เพื่อคลี่คลายเงื่อนงำที่ซ่อนอยู่เบื้องหลังหิมะและความหนาวเย็นของนากาโนะ

เมื่ออดีต ความแค้น และแผนการอันตรายค่อย ๆ ถูกเปิดโปง ความจริงที่ถูกฝังไว้มานานก็เริ่มปรากฏ คดีนี้ไม่เพียงเกี่ยวพันกับบาดแผลของยามาโตะเท่านั้น แต่ยังเชื่อมโยงไปถึงการฆาตกรรมและเงามืดที่กำลังคุกคามทุกคนในปัจจุบัน—ในการสืบสวนสุดตึงเครียดของ ยอดนักสืบจิ๋วโคนัน เดอะมูฟวี่ ภาคที่ 28