ในปีคริสตศักราช 2016 พื้นฐานของประวัติศาสตร์ของมนุษย์ถูกทำลายโดยกษัตริย์โซโลมอน จอมเวทย์มนตร์ผู้มีพลังอันยิ่งใหญ่ Chaldea กลุ่มพ่อมดลับ มุ่งมั่นที่จะปกป้องอนาคตของมนุษยชาติ พวกเขาทำนายการสูญพันธุ์ของมนุษยชาติในปี 2558 และเริ่มภารกิจเพื่อแก้ไขภาวะเอกฐานที่เกิดจากจอกศักดิ์สิทธิ์ในไทม์ไลน์ เอนทิตีนี้ ซึ่งมีอยู่ตลอดเวลาและพื้นที่ เรียกว่า Operation Grand Order

Ritsuka Fujimaru ปรมาจารย์คนสุดท้ายของ Chaldea และ Mash Kyrielight ผู้รับใช้ของพวกเขาใช้เทคนิคการเดินทางข้ามเวลา Rayshift เพื่อแก้ไขข้อขัดแย้งต่างๆ หลังจากจัดการกับเอกพจน์ทั้งหกได้สำเร็จ พวกเขาจึงเริ่มภารกิจที่อันตรายที่สุด นั่นคือการเดินทางสู่เมโสโปเตเมียในปี 2655 ปีก่อนคริสตกาล ซึ่งเป็นอารยธรรมในยุคแห่งเทพเจ้า Ritsuka และ Mash เผชิญหน้าอย่างรวดเร็วกับการปรากฏตัวของปีศาจที่ออกอาละวาดไปทั่วดินแดน โจมตีทั้งผู้คนและเมือง ท่ามกลางความสับสนวุ่นวายและความหวาดกลัว ความหวังสุดท้ายของมนุษยชาติคือ Uruk เมืองป้อมปราการที่ยืนหยัดเป็นด่านแรกในการป้องกันสัตว์ประหลาดเหล่านี้ การสั่งการกองทหารไม่ใช่ใครอื่นนอกจากกษัตริย์กิลกาเมช ราชาแห่งวีรบุรุษ ผู้ใช้วิญญาณวีรชนและรับหน้าที่เป็นหมอผีเพื่อปกป้องเมืองของเขา

Ritsuka และ Mash พร้อมด้วย Gilgamesh และคนรับใช้ที่ถูกอัญเชิญมีหน้าที่ปกป้อง Uruk จากสิ่งมีชีวิตวิเศษและขัดขวางพันธมิตรเทพธิดาไตรภาคีซึ่งมีจุดมุ่งหมายเพื่อกวาดล้างมนุษยชาติ ในขณะเดียวกัน อันตรายที่น่าสะพรึงกลัวยิ่งกว่าก็ปรากฏเหนืออูรุคโดยคาดหวังว่ามันจะกลับมาตื่นขึ้น