ผู้คนนับล้านเสียชีวิตบนโลกเนื่องจากการแผ่รังสีจากซุปเปอร์โนวาของดาวฤกษ์ไฮดรัส เบตา ที่อยู่ใกล้เคียงในปี พ.ศ. 2167 ก้าวไปข้างหน้าอย่างรวดเร็วถึงปี พ.ศ. 2356 โลกกำลังฟื้นตัวอย่างช้าๆ จากความเสียหายร้ายแรง อย่างไรก็ตาม มนุษยชาติกำลังเตรียมตัวรับมือกับซูเปอร์โนวาระลอกที่สอง โดยคาดว่าจะถูกทำลายล้างอย่างหลีกเลี่ยงไม่ได้

 

เพื่อปกป้องโลกจากภัยคุกคามที่อาจเกิดขึ้น กลุ่มอาณานิคมอวกาศขนาดใหญ่ที่เรียกว่า "ฐานราก" ได้ถูกสร้างขึ้นในสถานที่ต่างๆ ภายในระบบสุริยะ มูลนิธิเหล่านี้ทำหน้าที่เป็นศูนย์กลางสำหรับการวิจัยและการสำรวจ และที่สเตลเวีย ซึ่งเป็นสถานประกอบการแห่งหนึ่งนั้น ชิมะ คาตาเสะได้ท้าทายความปรารถนาของแม่ของเธอ และลงทะเบียนเป็นนักเรียนเตรียมอุดมศึกษา โดยกระตือรือร้นที่จะได้เห็นความมหัศจรรย์ของอวกาศโดยตรง

 

คาตาเสะเข้ารับการฝึกอบรมอย่างเข้มงวดที่สเตลเวียเพื่อเป็นนักบิน โดยปรารถนาที่จะได้รับเลือกให้เข้าร่วม "ภารกิจอันยิ่งใหญ่" อันทรงเกียรติซึ่งมีจุดมุ่งหมายเพื่อปกป้องโลกจากระลอกที่สองที่กำลังจะเกิดขึ้น ในขณะที่ต้องรับมือกับความท้าทายในหลักสูตรนำร่องของเธอและเผชิญกับชีวิตทางสังคมที่สับสนอลหม่าน เธอค่อยๆ พัฒนาเป็นบุคคลที่อาจมีความสามารถในการปกป้องมนุษยชาติ