โลกของ Gamindustri ถูกแบ่งออกเป็นสี่อาณาจักรที่แตกต่างกัน: Planeptune, Lastation, Lowee และ Leanbox ซึ่งแต่ละแห่งจะมีลักษณะเฉพาะของตัวเอง Basilicom เป็นโครงสร้างที่โดดเด่นภายในดินแดนเหล่านี้ ได้รับการเคารพให้เป็นสถานที่ศักดิ์สิทธิ์สำหรับการสักการะเทวดา ในเกมนี้ ผู้เล่นจะได้ควบคุม Purple Heart ซึ่งเป็นหนึ่งในสี่เทพธิดาที่เกี่ยวข้องกับสงครามคอนโซล แม้จะมีความพยายามร่วมกันของเทพธิดาทั้งสี่ แต่ความขัดแย้งของพวกเขายังคงไม่ได้รับการแก้ไข ทำให้ Black Heart (ซึ่งเป็นตัวแทนของ PS3) คิดค้นกลยุทธ์ใหม่ ด้วยการเอาชนะนางฟ้าองค์หนึ่งได้ ดาวเนปจูนจึงถูกเลือกให้เป็นผู้ถูกเลือก เทพธิดาอีกสองคน White Heart (เป็นตัวแทนของ Wii) และ Green Heart (เป็นตัวแทนของ Xbox 360) เห็นด้วยและร่วมกันโจมตี Purple Heart ด้วยพลังของนางฟ้าทั้งสาม ทำให้เธอสูญเสียความทรงจำและใช้ชื่อว่าเนปจูน เมื่อตื่นขึ้นมาบนโลก เนปจูนพบว่าตัวเองอยู่ในกลุ่มของเด็กสาวขี้อายชื่อคอมปา และออกเดินทางผจญภัยไปพร้อมกับสหายที่เพิ่งค้นพบ