Phi Brain Kami no Puzzle ติดตามการเดินทางของ Diamond Kaito นักเรียนมัธยมปลายผู้หลงใหลในการไขปริศนา เขาสนุกกับการเล่นเกมที่กระตุ้นจิตใจของเขา วันหนึ่ง ไคโตะและโนโนฮะ เพื่อนสมัยเด็กและเพื่อนร่วมชั้น บังเอิญไปพบกับเขาวงกตที่ไม่อาจแก้ไขได้ที่ซ่อนอยู่ในซากปรักหักพังใต้ดินของโรงเรียนของพวกเขา กล่าวกันว่าเขาวงกตนั้นมีวัตถุลึกลับที่เรียกว่า Orpheus Arm ซึ่งสามารถรับได้จากการพิชิตเขาวงกตเท่านั้น ไคโตะสามารถเอาชนะความท้าทายได้และได้รับรางวัลเป็นสร้อยข้อมือที่แสดงถึงสถานะของเขาในฐานะสมองแห่งไฟ เขาได้รับโอกาสในการไขปริศนาของพระเจ้าและได้รับฉายาว่า Einstein กิจกรรมนี้ถือเป็นจุดเริ่มต้นของการเดินทางของ Kaito สู่สงครามไขปริศนากับ POG