ตลอดทั้งเกม ผู้เล่นจะได้พบกับตัวละครที่แตกต่างกันสามตัว ซึ่งแต่ละตัวก็มีเนื้อเรื่องที่เป็นเอกลักษณ์ของตัวเอง ความก้าวหน้าของแต่ละบทจะขึ้นอยู่กับตัวเลือกที่ผู้เล่นเลือกตลอดทั้งเรื่อง บทที่มีชื่อว่า "โชคชะตา" มีศูนย์กลางอยู่ที่เซเบอร์ ซึ่งเป็นตัวเอกหลักของเกม บท "Unlimited Blade Works" เน้นไปที่รินในฐานะตัวละครหลักมากขึ้น โดยเจาะลึกเข้าไปในตัวตนของอาเชอร์คนรับใช้ของเธอ สุดท้ายนี้ "Heaven&Feel" มีศูนย์กลางอยู่ที่ซากุระและอดีตอันเจ็บปวดของเธอ ขณะเดียวกันก็เชื่อมโยงกับเรื่องราวที่พบใน Fate/Hollow Ataraxia การดัดแปลงแอนิเมชั่นถือเป็นสุดยอดของเรื่องราวทั้งสามเรื่อง โดยเน้นหนักไปที่แต่ละเรื่อง