คุโดะ ชินิจิเป็นนักเรียนมัธยมปลายวัย 17 ปีที่เป็นนักสืบเหมือนกัน เขาหลงรักโมริ รัน ลูกสาวของโมริ โคโกโระ ซึ่งมักจะขอความช่วยเหลือจากเขาในการคลี่คลายคดีต่างๆ คุโดะ ชินิจิ นักสืบที่ดีที่สุดของเฮเซ แอบสังเกตการเจรจาของชายชุดดำ แต่ไม่รู้ว่ามีชายชุดดำอีกคนหนึ่งโจมตีเขาจากด้านหลัง ในที่สุดชายทั้งสองก็ถูกจับได้และได้รับยาพิษที่องค์กรของพวกเขากล่าวหาว่าผลิต น่าเสียดายที่พิษนี้ทำให้ชินิจิหดตัวเหลือเพียงเด็กอายุ 7 ขวบ ทำให้เขาต้องเปลี่ยนชื่อเป็นเอโดกาวะ โคนันโดยได้รับความช่วยเหลือจากดร.อากาสะ ฮิโรชิ ตอนนี้เขากำลังสืบสวนร่องรอยของชายชุดดำและค้นหายาแก้พิษ โคนันไปอาศัยอยู่กับเพื่อนสมัยเด็ก โมริ รัน ที่สำนักงานนักสืบโมริ ซึ่งโคโกโระ พ่อของเธอทำงานเป็นนักสืบเอกชน อย่างไรก็ตาม โคโกโระไม่ใช่นักสืบที่เชื่อถือได้ เพื่อทำให้โคโกโระโด่งดัง โคนันซึ่งจริงๆ แล้วคือชินิจิในร่างเด็ก เลยใช้อุปกรณ์ที่ดร.อากาสะ ฮิโรชิคิดค้นขึ้นเพื่อไขคดีต่างๆ แทนโคโกโระ เพื่อที่จะตามหาชายชุดดำซึ่งขณะนี้อยู่ในร่างของเด็ก ชินอิจิถูกบังคับให้เข้าเรียนชั้นประถมศึกษาปีที่ 1 อีกครั้งที่โรงเรียนประถมศึกษาเทตัน พร้อมด้วยเพื่อนร่วมชั้น Yoshida, Ayumi, Tsuburaya, Mitsuhiko และ Kojima Genta, Shinichi ได้สร้างกลุ่มนักสืบเยาวชนเพื่อช่วยในการค้นหาชายชุดดำและยาแก้พิษของโคนัน ในระหว่างการสืบสวน พวกเขาได้พบกับคดีต่างๆ และบุคคลสำคัญ รวมถึงมิยาโนะ อาเคมิ หนึ่งในสมาชิกคนสุดท้ายขององค์กรชุดดำ มิยาโนะ ชิโฮะ (หรือที่รู้จักในชื่อ ไฮบาระ ไอ) อดีตสมาชิกขององค์กรเดียวกัน และนักวิทยาศาสตร์ที่สร้าง ยา APTX4869 ที่ทำให้เกิดสถานการณ์ปัจจุบันของโคแนน แม้จะมีการพัฒนาอย่างต่อเนื่องเกี่ยวกับองค์กรชุดดำ ความสัมพันธ์ระหว่างตัวละครกับกลไกที่ดำเนินไปอย่างช้าๆ ขององค์กรเอง แต่ผลลัพธ์สุดท้ายของเรื่องราวยังไม่เป็นที่ทราบแน่ชัด Detective Conan เป็นซีรีส์ที่ยาวนานซึ่งติดตามคดีและการสืบสวนต่างๆ โดยที่ยังไม่มีตอนจบที่ชัดเจน