จุดสนใจหลักของ Toaru Kagaku no Accelerator คือตัวละครเลเวล 5 ที่ถือว่าแข็งแกร่งที่สุด หลังจากปกป้องเด็กสาวร่าเริงชื่อ Last Order แล้ว Accelerator ก็ต้องจ่ายราคามหาศาลด้วยการสูญเสียพลังของเขา หลังจากพักฟื้นในโรงพยาบาล เขาใช้ชีวิตค่อนข้างไร้เหตุการณ์จนกระทั่งเขาช่วยชีวิตหญิงสาวลึกลับชื่อเอสเทล โรเซนธาล ซึ่งกุมภาพลำดับสุดท้าย น่าเสียดายสำหรับ Accelerator เขาพบว่าตัวเองเข้าไปพัวพันกับความขัดแย้งครั้งใหม่ด้วยองค์กรอันตรายที่ชื่อว่า Disciplinary Action ซึ่งมีแผนจะใช้ Last Order สำหรับภารกิจที่เต็มไปด้วยอันตราย ตอนนี้ทั้งกลุ่มได้เคลื่อนไหวแล้วและกำลังตามหาเด็กสาวอยู่ มันก็ขึ้นอยู่กับแอคเซเลเรเตอร์และสหายใหม่ของเขาที่จะช่วยเหลือ Last Order และในทางกลับกันก็ช่วย Academy City