ในวันที่ดูเหมือนจะเป็นวันธรรมดาของ "อากิยูกิ" นักเรียนหนุ่มบนเกาะเซนตัน กลับกลายเป็นจุดเริ่มต้นของโศกนาฏกรรม เมื่อกองกำลังจากรัฐบาลเหนือบุกโจมตีเขตฟรีโซนอย่างกะทันหัน ท่ามกลางความโกลาหล อากิยูกิได้พบกับ "นาสึนะ" เด็กสาวปริศนาผู้สูญเสียความทรงจำ ซึ่งนำไปสู่การเผชิญหน้ากับอาวุธรูปลักษณ์มนุษย์และการปรากฏตัวของนากิอามิในฐานะคลาวด์ไรเดอร์เพื่อหยุดยั้งการรุกรานครั้งนี้