กลุ่มที่นำโดย Satoshi เดินทางไปยังเมืองที่เรียกว่า "เมืองทะเลทราย" ซึ่งพวกเขาได้พบกับหญิงสาวชื่อแมรี่และร่างที่ถูกปิดผนึกของ Hoopa ที่รู้จักกันในชื่อ "Hupa" อย่างไรก็ตาม การสนทนาของพวกเขาถูกขัดจังหวะโดยบัลซา น้องชายของแมรี ซึ่งเผยให้เห็นรูปร่างของผู้หมวด ผู้หมวดคนนี้พิสูจน์ให้เห็นแล้วว่าเป็นฮูปายักษ์ที่เต็มไปด้วยความโกรธแค้นจากการถูกมนต์สะกดมานานนับศตวรรษ โชคดีที่โปเกมอนในตำนานเช่น Lugia, Latios, Latias และ Black Mega Requaza เข้ามาช่วยเหลือพวกเขา อย่างไรก็ตาม Dark Hoopa เรียกโปเกมอนในตำนานอีกหลายตัวออกมา ซึ่งนำไปสู่การต่อสู้ที่กำหนดชะตากรรมของโลก จะเกิดอะไรขึ้นกับ Satoshi, Hoopa และโลกโดยรวม?