เกาะโคอุมิเป็นโอเอซิสที่สวยงามตั้งอยู่ในมหาสมุทรแปซิฟิก ลึกลงไปใต้มหาสมุทร มีซากปรักหักพังของอารยธรรมโบราณที่เรียกว่า "พระราชวังใต้น้ำ" ซึ่งจมอยู่ใต้น้ำมานานหลายศตวรรษ เกาะแห่งนี้ยังมีชื่อเสียงจากการเป็นสถานที่ลือกันว่ามีโจรสลัดหญิงสองคนชื่อ "แอนน์ โบนี่" และ "แมรี่ เรียต" ซ่อนสมบัติของพวกเขาไว้เมื่อ 300 ปีก่อน ระหว่างวันหยุดพักผ่อนบนเกาะโคอุมิ โคนันคุงได้พบกับกลุ่มนักล่าสมบัติที่กำลังค้นหาสมบัติที่ซ่อนอยู่ อย่างไรก็ตาม เกิดความสงสัยในหมู่นักล่าเมื่อหนึ่งในนั้นถูกฉลามกลุ่มหนึ่งโจมตีและบาดเจ็บขณะค้นหาพระราชวังใต้น้ำ โคนันสัมผัสได้ถึงบางอย่างผิดปกติ จึงเริ่มสืบสวนการฆาตกรรมนักล่าสมบัติและตำนานสมบัติที่ซ่อนอยู่พร้อมกับไฮบาระ ขณะที่โคแนนเจาะลึกเข้าไปในการสืบสวน เขาก็ค้นพบความเชื่อมโยงระหว่างทั้งสองเรื่อง นั่นคือสัญลักษณ์ลึกลับ "จอลลี่ โรเจอร์" ความจริงเบื้องหลังสัญลักษณ์นี้กลายเป็นปริศนาชิ้นสำคัญในการไขคดี พระราชวังใต้น้ำจอลลี่ โรเจอร์เป็นสถานที่สำหรับชมทิวทัศน์อันยอดเยี่ยม ซึ่งเป็นภาพลางร้ายที่กะลาสีเรือแห่งศตวรรษที่ 18 ไม่อยากจะพบเจอ สัญลักษณ์นี้ย้อนกลับไปที่ธงหัวกะโหลกและกระดูกไขว้ที่โจรสลัดโบกสะบัดเพื่อเป็นสัญลักษณ์ของกิจกรรมที่ชั่วร้ายของพวกเขา ภายใต้ร่มธงของ Jolly Roger โจรสลัดผู้โด่งดังออกสำรวจทะเลทั้งเจ็ดเพื่อค้นหาการปล้นและการทำร้ายร่างกาย แม้กระทั่งทุกวันนี้ ยังมีผู้คนที่เดินทางรอบโลกเพื่อค้นหาสมบัติอันล้ำค่าให้ได้เห็น บุคคลเหล่านี้มักเรียกกันว่า "นักล่าสมบัติ"

คุโดะ ชินิจิเป็นนักสืบวัย 17 ปีผู้มีทักษะสูง กำลังศึกษาอยู่ในโรงเรียนมัธยมปลาย เขาได้รับตำแหน่ง "นักสืบผู้ยิ่งใหญ่แห่งปีของเฮเซ" จากความสามารถพิเศษของเขา ขณะที่แอบสังเกตการเจรจาลับของชายชุดดำ เขาก็ถูกโจมตีโดยชายชุดดำอีกคนหนึ่งโดยที่เขาไม่รู้ตัว คนร้ายทั้งสองคนถูกจับกุมและได้รับสารพิษที่อ้างว่าผลิตโดยองค์กรของพวกเขา พิษทำให้ชินอิจิตัวเล็กลงจนกลายเป็นเด็กอายุ 7 ขวบ ด้วยความช่วยเหลือจากดร.อากาสะ ฮิโรชิ เขาเปลี่ยนชื่อเป็นเอโดกาวะ โคนัน และเริ่มสืบสวนชายชุดดำ เป้าหมายของเขาคือการหายาแก้พิษเพื่อให้เขากลับมามีขนาดเท่าเดิม เขาย้ายไปอยู่กับเพื่อนสมัยเด็ก โมริ รัน ที่สำนักงานสืบสวนเอกชนของบิดาเธอ นั่นคือสำนักงานนักสืบโมริ พวกเขาร่วมมือกันเพื่อเปิดเผยตัวตนของชายชุดดำ