คุโดะ ชินิจิ นักเรียนมัธยมปลายวัย 17 ปีและนักสืบ หลงรักโมริ รัน ลูกสาวของโมริ โคโกโระ ซึ่งชินิจิเรียกว่า "นักสืบยอดนิยมแห่งปีของเฮเซ" ขณะที่แอบสังเกตการเจรจาลับๆ ของชายชุดดำ ชินอิจิไม่รู้ว่ามีชายชุดดำอีกคนหนึ่งโจมตีเขาจากด้านหลัง ต่อมาชายทั้งสองถูกจับกุมและได้รับยาพิษซึ่งถูกกล่าวหาว่าสร้างขึ้นภายในองค์กรของพวกเขา อย่างไรก็ตาม พิษดังกล่าวทำให้ชินิจิตัวเล็กลงจนกระทั่งเขากลายเป็นเด็กอายุ 7 ขวบ และเปลี่ยนชื่อเป็นเอโดกาวะ โคนัน โดยได้รับความช่วยเหลือจากดร.อากาสะ ฮิโรชิ เป้าหมายของเขาคือสืบสวนร่องรอยของชายชุดดำและค้นหายาแก้พิษ ชินอิจิไปอาศัยอยู่กับโมริ รัน เพื่อนสมัยเด็กที่สำนักงานนักสืบโมริ โมริ โคโกโระเป็นพ่อของรันและเป็นนักสืบเอกชน แต่เขาไว้ใจไม่ได้ โคนันซึ่งจริงๆ แล้วคือชินิจิปลอมตัวอยู่ ใช้อุปกรณ์ที่ดร.อากาสะ ฮิโรชิคิดค้นขึ้นเพื่อไขคดีต่างๆ แทนโคโกโระและทำให้เขาโด่งดัง ยังไม่ทราบที่อยู่ของชายชุดดำ ส่งผลให้ชินอิจิต้องรับร่างเด็กและลงทะเบียนเรียนในโรงเรียนประถมศึกษาเทตันอีกครั้ง นอกจากเพื่อนร่วมชั้นอย่าง Yoshida Ayumi, Mitsuhiko Tsuburaya และ Kojima Genta แล้ว พวกเขายังได้จัดตั้งกลุ่มนักสืบเยาวชนเพื่อช่วยในการค้นหาชายชุดดำและยาแก้พิษของโคนัน ขณะที่พวกเขาสืบสวน พวกเขาค้นพบกรณีต่างๆ และพบกับบุคคลสำคัญที่เกี่ยวข้องกับองค์กรชุดดำ เช่น มิยาโนะ อาเคมิ และมิยาโนะ ชิโฮะ (ไฮบาระ ไอ) รวมถึงนักวิทยาศาสตร์ที่รับผิดชอบในการสร้างยา APTX4869 ที่ทำให้เกิดการเปลี่ยนแปลงของโคนัน แม้ว่าจะเป็นมังงะที่มีมายาวนาน แต่การเล่าเรื่องของ Detective Conan ดำเนินไปอย่างช้าๆ และมุ่งเน้นไปที่การพัฒนาความสัมพันธ์และความรักระหว่างตัวละคร รวมถึงการต่อสู้กับองค์กรชุดดำอย่างต่อเนื่อง มังงะเรื่องนี้ยังไม่เปิดเผยตอนจบที่แน่ชัด