ในปี 2029 เมืองนีฮามะกลายเป็นมหานครที่ก้าวหน้าทางเทคโนโลยี ด้วยความก้าวหน้าอย่างมากในไซเบอร์เนติกส์ พลเมืองสามารถเปลี่ยนแขนขาด้วยชิ้นส่วนหุ่นยนต์ได้ โลกเชื่อมต่อกันมากขึ้นกว่าเดิม และแผนกความมั่นคงสาธารณะหน่วย 9 ของเมืองรับผิดชอบในการต่อสู้กับการทุจริต การก่อการร้าย และภัยคุกคามอันตรายอื่นๆ หลังจากการเปลี่ยนแปลงสู่โลกาภิวัตน์ พันตรีโมโตโกะ คุซานากิ ผู้มีความตั้งใจแน่วแน่แห่งหน่วย 9 เป็นหัวหอกในคดีเกี่ยวกับแฮกเกอร์ลึกลับที่รู้จักกันในนาม "นายหุ่นเชิด" ผู้ทิ้งร่องรอยเหยื่อที่ถูกลบความทรงจำ เช่นเดียวกับหลายคนในโลกอนาคตนี้ ร่างกายของนายหุ่นเชิดเกือบทั้งหมดเป็นหุ่นยนต์ ให้พลังอันเหลือเชื่อแก่พวกเขา ขณะที่โมโตโกะและลูกน้องติดตามร่องรอยของอาชญากรลึกลับ ฝ่ายอื่นๆ รวมถึงหน่วย 6 เริ่มเข้ามาเกี่ยวข้อง บังคับให้เธอเผชิญหน้ากับธรรมชาติที่ซับซ้อนอย่างยิ่งของคดี ครุ่นคิดเกี่ยวกับคำถามเชิงปรัชญาต่างๆ เช่น ความหมายของชีวิตตัวเอง โมโตโกะตระหนักในไม่ช้าว่าผู้ที่จะให้คำตอบเหล่านี้ไม่ใช่ใครอื่นนอกจากนายหุ่นเชิดเอง