Kijima Naito ครอบครองพลังของ Sacred Seven ซึ่งทำให้เขาถูกจัดให้อยู่ในศูนย์ทดลอง Kenmi สถานที่นี้ดำเนินการวิจัยเกี่ยวกับความสามารถของ Sacred Seven และได้รับการดูแลโดย Kenmi Yuji สถานที่แห่งนี้มีเด็กๆ จำนวนมากที่มีพลังอำนาจเจ็ดอันศักดิ์สิทธิ์ และเป็นที่ที่ Naito ได้พบกับพี่น้อง Faye และ Hong Yu เป็นครั้งแรก น่าเศร้าที่ Hong Yu กลายเป็นมนุษย์ Dark Stone เนื่องจากการทดลอง พลังศักดิ์สิทธิ์ทั้งเจ็ดของไนโตะตื่นขึ้น และในที่สุดเขาก็หนีออกจากสถานที่พร้อมกับเฟย์ได้ ระหว่างทางพวกเขาได้พบกับทันโดจิ อารุมะ ซึ่งมีพลังศักดิ์สิทธิ์เช่นกัน และเรื่องราวก็เปิดเผยออกมา ความลับเบื้องหลังวัตถุประสงค์ของ Sacred Seven และ Kenmi รวมถึงประวัติศาสตร์อันน่าสลดใจของศูนย์ทดลองกำลังจะถูกเปิดเผย