เวลาผ่านไปสามปีแล้วนับตั้งแต่การหายตัวไปของ Shar Aznable ซึ่งจากไปพร้อมกับมูลนิธิ Amuro Vist
ผู้นำมูลนิธิวิสต์ครอบครองกล่องของลาปลาซ แต่มีองค์กรหนึ่งบังเอิญไปพบมันโดยบังเอิญ
วัตถุประสงค์ของรุ่นที่สองคือการส่งกล่องของ Laplace ไปยัง Neo Zeons เพื่อให้บรรลุเป้าหมายนี้ พวกเขาเสนอให้เชิญทั้งสองฝ่ายของสหพันธ์
ในการประชุม Neo Zeon มาถึงด้วยความตั้งใจที่จะมอบกล่องให้กับ Laplace เจ้าหญิงแห่งนีโอเซียนก็เข้าร่วมด้วย
Audrey Burne เป็นนามปากกาของ Minerva Lao Zabi
ในความพยายามที่จะขัดขวางการกระทำของมูลนิธิวิสต์ บุคคลหนึ่งได้แอบแฝงตัวอยู่กับกองเรือ และใช้ความพยายามในการสื่อสารคำร้องขอให้มูลนิธิยุติกิจกรรมของตน
โอกาสที่จะเกิดความขัดแย้งที่สำคัญรออยู่เบื้องหน้า สถานการณ์ปัจจุบันกำลังถดถอยลงเรื่อยๆ กองทัพสหพันธรัฐเปิดฉากโจมตี
ในการที่จะแข่งขันกับกล่องของ LaPlasma นั้น Banagher Links จะต้องก้าวขึ้นมาอีกขั้นในเกมของเขา
Eudrey ได้รับการช่วยเหลือโดยบังเอิญ ตามที่โชคชะตากำหนด เขาเข้าไปพัวพันกับความขัดแย้งของสงคราม Neo Zeon
การปรากฏตัวอีกครั้งของ Full Frontal หรือที่รู้จักกันในชื่อภาคที่ 3 ได้รับการคาดหวังอย่างสูง
ความขัดแย้งขั้นสุดยอดระหว่างสหพันธ์โลกและกองกำลังของชาร์กำลังจะเริ่มต้นขึ้นพร้อมกับการกลับมาของชาร์ที่รอคอยมานาน