Aoki Hagane no Arpeggio Ars Nova เป็นเรื่องราวที่เกิดขึ้นในโลกที่มนุษย์ถูกบังคับให้อาศัยอยู่ในทะเลอันเป็นผลมาจากปัญหาสภาพอากาศที่ไม่หยุดยั้งและกองเรือหมอกที่ท่วมท้น เวลาผ่านไปเกือบสองทศวรรษนับตั้งแต่มนุษยชาติสร้างอาวุธที่สามารถต่อสู้กับกองเรือหมอกได้ แต่มีเพียงญี่ปุ่นเท่านั้นที่สามารถประดิษฐ์อาวุธดังกล่าวได้ โดยไม่มีอำนาจในการผลิตจำนวนมาก ด้วยความสิ้นหวัง พวกเขาจึงขอความช่วยเหลือจาก Gunzo ซึ่งครอบครองเรือดำน้ำลาดตระเวนสีน้ำเงิน I-401 (I401) โดยไม่ทราบสาเหตุ ตอนนี้ Gunzo เป็นความหวังสุดท้ายของมนุษยชาติในการต่อสู้กับกองเรือศัตรูที่ลึกลับ