คุโดะ ชินิจิเป็นนักเรียนมัธยมปลายวัย 17 ปีที่ทำงานเป็นนักสืบเหมือนกัน เขาหลงรักโมริ รัน ลูกสาวของโมริ โคโกโระ ซึ่งเขามักจะถูกเรียกให้มาช่วย ชินอิจิหรือที่รู้จักกันในชื่อ "นักสืบยอดนิยมแห่งปีของเฮเซ" แอบสังเกตการเจรจาลับๆ ของชายชุดดำ ชายชุดดำอีกคนหนึ่งโจมตีเขาจากด้านหลังโดยไม่รู้ตัว ต่อมาชายทั้งสองถูกจับกุมและได้รับยาพิษที่ผลิตโดยองค์กรของพวกเขา พิษนี้ทำให้ชินิจิหดตัวจนอายุ 7 ขวบ ทำให้เขาต้องเปลี่ยนตัวตนเป็นเอโดกาวะ โคนัน โดยได้รับความช่วยเหลือจากดร.อากาสะ ฮิโรชิ เป้าหมายของโคแนนคือการสืบสวนชายชุดดำและรับยาแก้พิษเพื่อแก้ไขผลของพิษ