หลังจากซื้อด้วงแรดตัวใหญ่มา โนบิตะและพ่อก็ให้คำมั่นว่าจะทะนุถนอมและเลี้ยงดูมัน ในที่สุด โดราเอมอนและเพื่อนๆ ของเขาก็บังเอิญไปพบกับเกาะที่ไม่ธรรมดาแห่งหนึ่ง ซึ่งเป็นชุมชนที่อยู่ร่วมกับสิ่งมีชีวิตในยุคก่อนประวัติศาสตร์ที่ครั้งหนึ่งเคยถือว่าสูญพันธุ์ไปแล้ว ชาวเกาะได้เพาะพันธุ์แมลงเต่าทองมาเป็นเวลานาน อย่างไรก็ตาม Golden Hercules ซึ่งเป็นวิญญาณของแมลงปีกแข็งในตำนานได้ปกป้องสิ่งมีชีวิตจากอันตราย อย่างไรก็ตาม กลุ่มนี้ยังต้องเผชิญกับกลุ่มอาชญากรในอนาคตที่พยายามจะจับกุม Golden Hercules เพื่อผลประโยชน์ทางการเงินของตนเอง