ขณะที่นักเรียนเตรียมกลับไปโรงเรียนในภาคเรียนที่สอง ห้อง 3-E ยังคงมุ่งความสนใจไปที่เป้าหมายสูงสุดในการลอบสังหารอาจารย์โคโระ อย่างไรก็ตาม ความพยายามของพวกเขาไม่ได้ถูกมองข้ามไป เนื่องจากศัตรูทั้งเก่าและใหม่ได้ลุกขึ้นต่อสู้กับพวกเขา ก่อให้เกิดภัยคุกคามที่สำคัญ คลาส A ซึ่งเป็นการแข่งขันหลักของพวกเขา ซึ่งรวมถึงอาจารย์ใหญ่ที่น่าเกรงขามของ Kunugigaoka Junior High มุ่งมั่นที่จะป้องกันไม่ให้คลาส E ประสบความสำเร็จทางวิชาการ แม้จะมีความท้าทายเหล่านี้ กลุ่มยังคงมุ่งมั่นที่จะทำงานร่วมกันเพื่อเอาชนะอุปสรรคและบรรลุภารกิจให้สำเร็จ