การเล่าเรื่องเกิดขึ้นบนดาวเคราะห์ที่พังพินาศอันเป็นผลมาจากการโจมตีอันวุ่นวายของ Zoids ความขัดแย้งเกิดขึ้นระหว่างสองฝ่าย ได้แก่ สาธารณรัฐซึ่งปรารถนาที่จะอยู่ร่วมกับ Zoids และจักรวรรดิซึ่งใช้พลังของพวกเขาเป็นอาวุธ ความขัดแย้งลุกลามและกลืนกินทั้งโลก ท่ามกลางความสับสนอลหม่านนี้ ลีโอ คอนราด ผู้เชี่ยวชาญด้านการปรับแต่ง Zoids ได้พบกับหญิงสาวลึกลับผู้ครอบครองวิธีแก้ปัญหาในการเยียวยาโลก และด้วยเหตุนี้ บทใหม่ในเทพนิยายของ Zoids จึงได้เริ่มต้นขึ้น