คุโดะ ชินิจิเป็นนักสืบนักเรียนมัธยมปลายที่มีอายุ 17 ปี และเก็บงำความรู้สึกต่อโมริ รัน ลูกสาวของโมริ โคโกโระ ซึ่งเขาเป็นที่รู้จักในนาม "นักสืบยอดนิยมแห่งปีของเฮเซ" ขณะที่แอบสังเกตการเจรจาลับๆ ของชายชุดดำ ชินอิจิถูกโจมตีจากด้านหลังโดยชายชุดดำอีกคนโดยที่เขาไม่รู้ ผู้กระทำผิดทั้งสองถูกจับกุมและใช้ยาพิษที่เชื่อว่าเกิดจากองค์กรของพวกเขา อย่างไรก็ตาม พิษดังกล่าวทำให้ชินอิจิตัวหดตัวลงจนเหลือขนาดเท่ากับเด็กอายุเจ็ดขวบ ด้วยความช่วยเหลือจากดร.อากาสะ ฮิโรชิ เขาจึงใช้นามแฝงว่าเอโดกาวะ โคนัน และออกเดินทางเพื่อสืบสวนตัวตนของชายชุดดำและรับยาแก้พิษ เขาอาศัยอยู่กับโมริ รัน เพื่อนเก่าสมัยเด็กที่สำนักงานนักสืบโมริ โคโกโระ พ่อของรันเป็นนักสืบเอกชน แต่เขาไม่ค่อยเชี่ยวชาญงานของเขามากนัก โคนันซึ่งจริงๆ แล้วคือชินิจิในร่างเด็ก ใช้อุปกรณ์ที่ดร.อากาสะ ฮิโรชิคิดค้นขึ้นเพื่อช่วยคลี่คลายคดีต่างๆ แทนโคโกโร่ โดยหวังว่าจะยกระดับชื่อเสียงของโคโกโร่ ขณะที่ไม่ทราบที่อยู่ของชายชุดดำ ชินอิจิพบว่าตัวเองติดอยู่ในร่างเด็กและถูกบังคับให้กลับไปเรียนชั้นประถมศึกษาปีที่ 1 ที่โรงเรียนประถมศึกษาเทตัน แม้ว่าเขาจะพ่ายแพ้ แต่เขาก็สามารถก่อตั้งกลุ่มนักสืบวัยรุ่นซึ่งประกอบด้วยเพื่อนร่วมชั้นของเขา Yoshida Ayumi, Mitsuhiko Tsuburaya และ Kojima Genta ขณะที่พวกเขายังคงค้นหาทั้งชายชุดดำและยาแก้พิษของชินอิจิ พวกเขาก็ได้พบกับคดีและบุคคลสำคัญต่างๆ มากมาย ซึ่งรวมถึงมิยาโนะ อาเคมิ หนึ่งในสมาชิกคนสุดท้ายที่เหลืออยู่ขององค์กรชุดดำ และมิยาโนะ ชิโฮะ หรือ ไฮบาระ ไอ อดีตสมาชิกกลุ่มเดียวกัน พวกเขายังค้นพบนักวิทยาศาสตร์ที่รับผิดชอบในการสร้างยา APTX4869 ซึ่งทำให้สถานะปัจจุบันของชินอิจิ อย่างไรก็ตาม เรื่องราวของ Detective Conan นั้นเป็นมังงะที่ดำเนินไปอย่างช้าๆ ซึ่งเจาะลึกความสัมพันธ์และความรักระหว่างตัวละคร รวมถึงองค์กรสีดำลึกลับ แม้จะยาวนาน แต่ก็ไม่มีการเอ่ยถึงเรื่องราวจะจบลงอย่างไร