ในขณะที่นักเรียนกลับมาโรงเรียนอีกครั้งในเทอมที่สอง ห้อง 3-E มุ่งความสนใจไปที่การฝึกฝนทักษะเพื่อเอาชนะอาจารย์โคโระที่เข้าใจยาก หลังจากการโจมตีบนเกาะในช่วงวันหยุดฤดูร้อน พวกเขายังคงปรับปรุงดาบของพวกเขาต่อไปโดยมีเป้าหมายเดียวคือกำจัดศัตรูที่ลื่นไถลของพวกเขา อย่างไรก็ตาม ความกังวลของพวกเขาไม่ได้จำกัดอยู่เพียงครูเท่านั้น ศัตรูทั้งเก่าและใหม่ต่างกลายเป็นนักฆ่า โดยขู่ว่าจะพลิกเกล็ดเพื่อประโยชน์ของ Squid Head สิ่งที่ทำให้พวกเขากังวลคือคู่แข่งในคลาส A รวมถึงครูใหญ่ที่น่าเกรงขามของ Kunugigaoka Junior High ผู้ซึ่งพยายามขัดขวางความสำเร็จทางวิชาการของ Class E ด้วยอุปสรรคมากมายที่ต่อสู้กับพวกเขา กลุ่มจะต้องรวมตัวกันเพื่อปราบศัตรูและปฏิบัติภารกิจลอบสังหารเจ้านายของพวกเขาให้สำเร็จ