หลังจากบทสรุปของ The Next เชื่อกันว่าโลกจะปราศจากอันตราย อย่างไรก็ตาม การเกิดขึ้นของ Space Beasts ที่สร้างขึ้นจาก DNA ของ The One ได้ทำลายภาพลวงตานี้ สัตว์ร้ายเหล่านี้อ้างสิทธิ์เหยื่อนับไม่ถ้วน กระตุ้นให้มีการจัดตั้งองค์กรลับ TLT เพื่อแก้ไขวิกฤติ หน่วย Night Raider ประกอบด้วยบุคลากรที่มีทักษะสูง ได้ถูกนำไปใช้เพื่อต่อต้าน Space Beasts อย่างรวดเร็ว ในขณะเดียวกัน Komon Kazuki ชายหนุ่มธรรมดาที่ใช้ชีวิตเรียบง่าย พบว่าตัวเองถูกดึงดูดเข้าสู่ความขัดแย้ง ชีวิตของเขาได้รับการช่วยเหลือโดยอุลตร้าแมนเน็กซัสยักษ์สีเงิน ซึ่งต่อมาถูกโจมตีโดยสัตว์ร้าย การเผชิญหน้าครั้งนี้ทำให้คองต้องตัดสินใจเข้าร่วมหน่วย Night Raider และในที่สุดก็สอบผ่านเพื่อเป็นเจ้าหน้าที่ ในเวลานั้น เขาได้พบกับฮิเมยะ จุน ชายปริศนาที่ปรากฏตัวอยู่เสมอในช่วงเหตุการณ์ Space Beast ต่อมาพบว่าฮิเมยะคือการปรากฏของเน็กซัส หลังจากการเปิดเผยนี้ โคมอนต้องเผชิญกับเหตุการณ์ที่ไม่เปิดเผยมากมาย รวมถึงการเผชิญหน้ากับอุลตร้าแมนและสัตว์อวกาศ ซึ่งทำให้สถานการณ์ซับซ้อนยิ่งขึ้น