คุโดะ ชินิจิเป็นนักสืบในโรงเรียนมัธยมปลายที่มีอายุ 17 ปี และมีความรู้สึกต่อโมริ รัน ลูกสาวของโมริ โคโกโระ ซึ่งเรียกเขาว่าเป็น "นักสืบยอดนิยมแห่งปีของเฮเซ" ชินอิจิแอบสังเกตการเจรจาลับๆ ของชายชุดดำ จนกระทั่งเขาถูกโจมตีโดยชายชุดดำอีกคนหนึ่งโดยที่เขาไม่รู้ตัว ต่อมาชายทั้งสองถูกจับกุมและได้รับยาพิษที่อ้างว่าสร้างขึ้นภายในองค์กรของพวกเขา อย่างไรก็ตาม พิษดังกล่าวทำให้ชินอิจิกลายเป็นเด็กวัย 7 ขวบ และเขาเปลี่ยนชื่อเป็นเอโดกาวะ โคนัน โดยได้รับความช่วยเหลือจากดร.อากาสะ ฮิโรชิ ภารกิจของโคนันคือสืบสวนร่องรอยของชายชุดดำและนำยาแก้พิษกลับมา เป็นผลให้เขาย้ายไปอยู่กับเพื่อนสมัยเด็ก โมริ รัน และพ่อของเธอซึ่งเป็นนักสืบเอกชน อย่างไรก็ตาม โคโกโระเป็นนักสืบที่ไม่น่าเชื่อถือ ดังนั้นโคนันจึงใช้อุปกรณ์ที่พัฒนาโดยดร.อากาสะ ฮิโรชิเพื่อไขคดีแทนเขาเพื่อทำให้เขาโด่งดัง เพื่อที่จะตามหาชายชุดดำและค้นหายาแก้พิษที่จะเปลี่ยนเขาให้กลับคืนสู่ร่างเดิม ชินอิจิต้องสวมหน้ากากเด็กและเข้าเรียนที่โรงเรียนประถมศึกษาเทตันอีกครั้ง ร่วมกับเพื่อนร่วมชั้น Yoshida Ayumi, Mitsuhiko Tsuburaya และ Kojima Genta พวกเขาก่อตั้งชมรมนักสืบเยาวชนและเริ่มดำเนินการค้นหาอาชญากรที่เข้าใจยาก การค้นหานี้นำไปสู่การค้นพบบุคคลและเหตุการณ์ต่างๆ ที่เกี่ยวข้องกับชายชุดดำ เช่น มิยาโนะ อาเคมิ หนึ่งในสมาชิกคนสุดท้ายขององค์กรที่รู้จัก เช่นเดียวกับ มิยาโนะ ชิโฮะ หรือที่รู้จักกันในชื่อ ไฮบาระ ไอ อดีตสมาชิกที่รับบทเป็น มีบทบาทสำคัญในเรื่องราว นอกจากนี้ ยังมีการเปิดเผยนักวิทยาศาสตร์ที่รับผิดชอบในการสร้างยา APTX4869 ที่ทำให้เกิดการเปลี่ยนแปลงของโคนันด้วย แม้ว่าเรื่องราวจะดำเนินไปอย่างช้าๆ แต่มีหลายแง่มุมที่เน้นไปที่ความสัมพันธ์ระหว่างตัวละครกับองค์กรชุดดำ แต่นักสืบโคนันก็ยังคงเป็นมังงะยอดนิยมที่ยังไม่ทราบจุดจบ