ตลอดทั้งเกม ผู้เล่นจะได้พบกับตัวละครที่แตกต่างกัน 3 ตัว ซึ่งแต่ละตัวจะมีเรื่องราวที่เป็นเอกลักษณ์ของตัวเองซึ่งจะคืบหน้าไปตามตัวเลือกที่ผู้เล่นเลือก บทที่ชื่อว่า Fate มีศูนย์กลางอยู่ที่ตัวเอก Saber ในขณะที่บทที่ชื่อว่า Unlimited Blade Works มุ่งเน้นไปที่ Rin ซึ่งเป็นตัวละครหลัก และเจาะลึกเข้าไปในตัวตนของ Archer ผู้รับใช้ของเธอ สุดท้ายนี้ บทที่ Heaven&Feel บอกเล่าเรื่องราวอดีตอันน่าเศร้าของซากุระ ซึ่งเชื่อมโยงกับเหตุการณ์ใน Fate/Hollow Ataraxia ด้วย การดัดแปลงแอนิเมชั่นเป็นการผสมผสานเรื่องราวทั้งสามเรื่องเข้าด้วยกัน และให้ความสำคัญกับธรรมชาติที่เชื่อมโยงกันเป็นอย่างมาก