เรื่องราวของ Sidonia no Kishi เล่าเรื่องราวการรุกรานของมนุษยชาติโดยสิ่งมีชีวิตขนาดมหึมาที่เปลี่ยนรูปร่างที่รู้จักกันในชื่อ Gauna ผู้ซึ่งกินเนื้อมนุษย์และทิ้งขยะให้กับโลก เพื่อหลบหนี มนุษย์บางคนต้องหนีบนยานอวกาศขนาดมหึมา อย่างไรก็ตาม Gauna ยังคงไล่ตามพวกมันอยู่ ดังนั้น เพื่อปกป้องตัวเอง พวกเขาจึงสร้างหุ่นยนต์ขนาดมหึมาที่เรียกว่าผู้พิทักษ์ และรับสมัครนักบินรุ่นเยาว์เพื่อควบคุมการโจมตีของเกาน่า ตลอดหลายพันปีที่ผ่านมา มนุษยชาติมีความก้าวหน้าอย่างมากในเทคโนโลยีมากมาย รวมถึงการโคลนมนุษย์ มนุษย์ลูกผสม ไซบอร์ก การสืบพันธุ์แบบไม่อาศัยเพศ และแม้แต่การสังเคราะห์ด้วยแสง