เนื้อเรื่องของ "Hundred" เกี่ยวข้องกับผู้รุกรานสัตว์ประหลาดที่รู้จักกันในชื่อ "Savage" ซึ่งสามารถต่อสู้ได้ด้วยอาวุธ "Hundred" เท่านั้น ผู้ใช้อาวุธนี้หรือที่รู้จักกันในชื่อ "Slayer" คือ Hayato Kisaragi นักเรียนที่โรงเรียนแห่งหนึ่งในเมือง ระหว่างการเดินทางในทะเลที่เรียกว่า "Little Garden" เขาได้พบกับเพื่อนนักเรียนชื่อ Emil Crossford ซึ่งเขาจำได้อย่างอธิบายไม่ถูก เมื่อมาถึงโรงเรียน ฮายาโตะถูกท้าทายให้ดวลโดยแคลร์ ฮาร์วีย์ นักฆ่า "ราชินี" ผู้น่าเกรงขามทันที ซึ่งเป็นจุดเริ่มต้นของการเดินทางของเขา