สถาปนิกชื่อดัง เทจิ โมริยะ ผู้ชื่นชอบการออกแบบสถาปัตยกรรมของอังกฤษ เชิญโคนัน รัน และนักสืบโคโกโระให้เข้าร่วมงาน เทอิจิ โมริยะผู้มีชื่อเสียงในด้านความชื่นชอบในการถอดรหัสคำศัพท์เป็นผู้จัดกิจกรรมนี้ ท่ามกลางการเฉลิมฉลอง โคนันได้รับโทรศัพท์ที่ไม่คาดคิดจากบุคคลที่ไม่ปรากฏชื่อซึ่งขู่ว่าจะวางระเบิดในสถานที่ต่างๆ Toto Line กลายเป็นเป้าหมายหลัก โดยมีระเบิด 5 ลูกที่จะจุดชนวนหลังค่ำ ตัวตนที่แท้จริงของผู้โทรลึกลับรายนี้ยังคงเป็นปริศนา อะไรกระตุ้นให้เกิดการก่อวินาศกรรมครั้งนี้? และใครควรรับผิดชอบ? โคแนนและสหายของเขาเริ่มต้นภารกิจเพื่อค้นหาคำตอบของคำถามเร่งด่วนเหล่านี้และคิดค้นแนวทางแก้ไขเพื่อหลีกเลี่ยงวิกฤต

ในวัย 17 ปี คุโดะ ชินิจิ นักสืบและนักศึกษาที่มีทักษะสูง ได้รับตำแหน่งอันทรงเกียรติ "นักสืบที่ยิ่งใหญ่ที่สุดแห่งปีเฮเซ" ขณะแอบสังเกตการเจรจาลับๆ ของบุคคลลึกลับที่สวมชุดดำ ชินอิจิยังคงเฝ้าระวัง ทันใดนั้น ผู้โจมตีซึ่งสวมชุดดำก็เข้ามาใกล้อย่างลับๆ จากด้านหลังและเริ่มการโจมตี ต่อจากนั้นพวกเขาถูกจับกุมและถูกฉีดสารพิษที่อ้างว่าสร้างขึ้นโดยองค์กรของพวกเขา อย่างไรก็ตาม พิษนี้ก่อให้เกิดผลพิเศษต่อชินอิจิ ทำให้เขามีการเปลี่ยนแปลงครั้งใหญ่ คล้ายกับเด็กอายุ 7 ขวบ ด้วยความช่วยเหลือจากดร.อากาสะ ฮิโรชิผู้ชาญฉลาด เขาสวมบทบาทเป็นเอโดกาวะ โคนัน และเริ่มปฏิบัติภารกิจในการสืบสวนชายผู้ลึกลับในเครื่องหมายสีดำและจัดหายาแก้พิษ นอกจากโมริ รัน เพื่อนสมัยเด็กของเขา ซึ่งมีโคโกโระ พ่อของเขาทำหน้าที่เป็นนักสืบเอกชนแล้ว พวกเขาก็เข้าร่วมกองกำลังที่สำนักงานนักสืบโมริ พวกเขารวมตัวกันโดยมีเป้าหมายร่วมกัน พวกเขามุ่งมั่นที่จะเปิดเผยความจริงเบื้องหลังชายผิวดำผู้เข้าใจยาก