นาโนฮะ ทาคามาจิ เด็กสาวผู้มีพรสวรรค์ด้านเวทมนตร์ ได้พบกับยูโนะ เพื่อนนักมายากลจากต่างอาณาจักร ที่มาเพื่อรวบรวมเมล็ดอัญมณีอันทรงพลัง แม้ว่า Yuno จะพ่ายแพ้ในช่วงแรก แต่ Nanoha ก็ค้นพบพลังเวทย์มนตร์ของเธอเองและเลือกที่จะใช้มันเพื่อปกป้องคนรอบข้าง แม้ว่าเธอจะต้องรับผิดชอบอย่างมากในฐานะนักเรียนชั้นประถมศึกษาปีที่ 3 ก็ตาม โดยไม่มีใครขัดขวาง นาโนฮะยังคงช่วยเหลือยูโนะในภารกิจรวบรวมเมล็ดอัญมณี อย่างไรก็ตาม การเดินทางของพวกเขาต้องพลิกผันอย่างมากเมื่อพวกเขาได้พบกับ Fate Testarossa แม่มดสาวอีกคนที่กำลังมองหา Jewel Seeds ให้กับแม่ของเธอด้วย เด็กสาวทั้งสองปะทะกันในการต่อสู้ แต่ต่อมาแม่ของเฟทสารภาพความตั้งใจที่แท้จริงของเธอในการฟื้นคืนชีพลูกสาวที่เสียชีวิตของเธอโดยใช้เมล็ดพันธุ์อัญมณี เช่นเดียวกับที่โชคชะตากำลังจะถูกใช้เพื่อจุดประสงค์นี้ Midchilda สารวัตรอวกาศ-เวลาก็เข้ามาขัดขวางแผนการของแม่ของ Fate และควบคุมตัว Fate ไว้เพื่อจะถูกตัดสิน