หลังจากการโจมตีโดยเท็นโดชูบนอาคารผู้โดยสารกลางโอเอโดะ สองปีผ่านไป และโยโรซึยะก็สลายไป เพื่อเตรียมพร้อมสำหรับการกลับมาของ Utsuro Gintoki Sakata ได้เจาะลึกเข้าไปในเส้นสายของโลกโดยหวังว่าจะพบหลักฐานของ Altana จากบุคคลอื่น หลังจากการทะเลาะวิวาทกับเศษของ Tendoshu ที่ยังคงไล่ตามชีวิตนิรันดร์ ในที่สุด กินโทกิก็กลับมายังเอโดะ

หลังจากนั้น ชินเซ็นกุมิและโยโรซึยะได้เปิดฉากโจมตีอาคารผู้โดยสารกลางซึ่งอยู่ภายใต้การยึดครอง เนื่องจากซากเรือของ Tendoshuu ตกอยู่ในอันตรายจากการระเบิด เรือ Altana จึงถูกรวบรวมไว้ กลุ่มโยโรซึยะและพันธมิตรได้ต่อสู้กับศัตรู โดยให้ความสำคัญกับการรักษาความปลอดภัยของเอโดะโดยคำนึงถึงผลกระทบที่อาจเกิดขึ้นทั่วโลก ซึ่งก็เป็นไปตามความปรารถนาของอาจารย์ ลูกศิษย์ของโชโย โยชิดะมารวมตัวกันเป็นครั้งสุดท้าย ระลึกถึงอดีตและพยายามกอบกู้อนาคตของพวกเขา